جمهوری اسلامی، از همان روزهای نخستین که قدرت را به دست گرفت، با اعدام شماری از مسئولان رژیم سلطنتی، بار دیگر سرکوب و خشونت را در جامعه نهادینه کرد. با حمله به کردستان، ترکمن صحرا و خوزستان و راه پیمائی زنان در تهران در سال های ١٣۵٨ و ١٣۵٩، به سرکوب و جنایت روی آورد و در یک اقدام سراسری و سازماندهی شده، به فاصله سال های١٣۶٠ و ١٣٦٤ ده ها هزار تن از فعالان و مخالفان سیاسی و عقیدتی و ملیت های تحت ستم ایران، از جمله کردها، عرب ها و بلوچ ها را دستگیر، شکنجه و اعدام کرد.
تعداد کسانی که در سال‌های نخستین دهه شصت اعدام شدند، هنوز در سایه ای از ابهام قرار دارد. ایران تریبونال تاکنون توانسته است، بیش از یازده هزار مورد اعدام را ثبت کند. با اینحال، تخمین زده می شود که تعداد اعدام شدگان سیاسی در این سال ها فراتر از ٢٠٠٠٠ نفر است.
روند اعدام و کشتار زندانیان سیاسی در هه شصت با فتوا خمینی، رهبر جمهوری اسلامی در مرداد و شهریور شصت‌وهقت به اوج رسید که در پی آن بیش از چهار هزار زندانی سیاسی را که دوران زندان خود را می گذراندند و برخی نیز دوران زندان شان به پایان رسیده بود، اما هنوز در زندان بسر می بردند، به طور دسته جمعی اعدام کردند.
اعدام شدگان مجاهد را در تهران در بهشت زهرا و اعدام شدگان چپ را در خاوران در نهان و پنهان در گورهای جمعی دفن کردند. جمهوری اسلامی در شهرستان ها نیز کماپیش به همین شیوه عمل کرد، مجاهدین را در گورستان های معمولی و چپ ها را در گورهای بی نام و نشان در نهان و پنهان دفن کرد.
به دستور خمینی، هیئت‌هایی در تهران و شهرهای بزرگ برای اجرای فرمان خمینی و کشتار زندانیان سیاسی تشکیل شدند. هر هیئت، شامل یک حاکم شرع، یک دادستان و نماینده ای از وزارت اطلاعات و یک تا دو نفر دیگر از مسئولان حکومتی بود. مسئولان و دست اندرکاران زندان ها به این هیئت ها برای کشتار زندانیان سیاسی کمک می کردند. زندانیان سیاسی در زندان های اوین و گوهردشت توسط یک هیئت که اعضای آن عبارتند بودند از اسماعیل شوشتری، حسنیعلی نیری، مرتضی اشراقی، ابراهیم رئیسی و مصطفی پورمحمدی، به مرگ محکوم شدند. مسئولان این دو زندان، از جمله سید حسین مرتضوی(رئیس زندان اوین)، قاسم کبیری(معاون زندان اوین) مجید حلوائی عسگر، موسی واعظی(حاجی زمانی)، مجید ملاجعفر (مجید قدوسی)، علی مبشری، اکبر کبیری آرانی (فکور)، محمد مقیسه ای (ناصریان)، داوود لشکری و حمید نوری در زندان گوهردشت در امر کشتار زندانیان سیاسی فعال و با این هیئت همکاری کردند.
برای اطلاعات در باره اعضای هیئت‌های مرگ در سایر شهرهای ایران و سایر عوامل جمهوری اسلامی که در اعدام و کشتار زندانیان سیاسی و همچنین سرکوب‌های دهه شصت دست داشتند، اینجا را کلیک کنید.