روح الله موسوی خمینی، رهبر و معمار رژیم جمهوری اسلامی ایران طی صدور حکم پیوست در مرداد ٦٧، فرمان قتل عام زندانیان سیاسی در سراسر ایران را صادر کرد. در این حکم که به گفته آیت الله منتظری، در ٦ مرداد ١٣٦٧ صادر شده است، خمینی، حسینعلی نیری رئیس حکام شرع اوین را به ریاست هیئت قتل عام زندانیان سیاسی منصوب می کند. خمینی در بخشی از این حکم می نویسد:«…کسانی که در زندان‌های سراسر کشور بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می‌کنند، محارب و محکوم به اعدام می‌باشند و تشخیص موضوع نیز در تهران با رای اکثریت آقایان حجه الاسلام نیری دامت افاضاته (قاضی شرع) و جناب آقای اشراقی (دادستان تهران) و نماینده‌ای از وزارت اطلاعات می‌باشد.»
خمینی در این حکم خواستار به کارگیری نهایت وحشی‌گری شده و فرمان می‌دهد:
«..رحم بر محاربین ساده‌اندیشی است. قاطعیت اسلام در برابر دشمنان خدا از اصول تردید‌ناپدیر نظام اسلامی است. امیدوارم با خشم و کینه انقلابی خود نسبت به دشمنان اسلام، رضایت خداوند متعال را جلب نمایید. آقایانی که تشخیص موضوع به عهده آنان است، وسوسه و شک و تردید نکنند و سعی کنند “اشدا علی‌الکفار” باشند. تردید در مسائل اسلام انقلابی، نادیده گرفتن خون پاک و مطهر شهدا می‌باشد.»
خمینی همان موقع در ذیل نامه‌ی دیگری در پاسخ به پرسش‌های موسوی اردیبلی در رابطه با چگونگی اجرای فرمان او برای قتل‌عام زندانیان سیاسی، می‌نویسد:
«…هرکس در هر مرحله اگر بر سر نفاق باشد حمکش اعدام است، سریعاً دشمنان اسلام را نابود کنید، در مورد رسیدگی به وضع پرونده‌‌ها در هر صورت که حکم سریعتر انجام گردد همان مورد نظر است.»
